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지주회사와 관련된 세제혜택의 문제점
이슈&분석 2018-3호 2018-02-13

지주회사 제도가 허용된 이후 정부는 지주회사 전환 촉진 정책을 견지해 왔으며 이에 따라 지주회사 전환과정 등에서 다양한 세제혜택을 주고 있음

먼저, 지주회사의 주주에게는 지주회사 전환 과정에서 발생한 주식의 양도차익에 대해 일정한 요건이 충족되는 경우 양도소득세 과세를 새로 교환 받은 해당 주식을 매각하는 시점까지 이연(조세특례제한법)해 주고 있는 바, 이러한 혜택의 대부분은 지주회사의 최대주주 및 특수관계인이 누리고 있음.

둘째, 일감몰아주기 관련 증여세 과세에 있어서도 지주회사가 수혜법인인 경우 지주회사와 자회사(및 손자회사등)과의 거래 그리고 자회사(및 손자회사)간의 거래의 일정비율은 일감몰아주기 매출비율 계산에 있어 예외를 인정(과세제외매출)해 주고 있음(상증법). 이로 인해 지주회사 지분을 대거 보유하고 있는 최대주주 일가는 상당한 조세혜택 누리게 됨

마지막으로, 기업들이 투자대상회사로부터 수취한 배당소득에 대해 일정비율 익금불산입을 해주고 있는데, 지주회사에게 적용되는 “익금불불산입비율”이 일반회사 보다 높아 지주회사의 법인세 부담이 줄어들게 됨(법인세법)

지주회사 제도가 도입된 지 거의 20년이 되어가는 지금 시점까지 지주회사 전환을 촉진하기 위해 이러한 세제혜택을 지속적으로 해야 할 필요가 없음. 2018년 조세특례제한법상의 현물출자로 인한 양도차익에 대한 과세특례조항이 일몰되는데 추가적인 연장을 고려해서는 안됨. 아울러 기존에 이연된 과세에 대해서도 단기의 경과규정을 두고 바로 과세해야 함. 상증법에서도 지주회사에 대한 특례를 삭제하여 지주회사의 주주들도 일반회사의 주주들과 동일한 기준으로 증여세를 납부하게 해야 함. 마지막으로 법인세법 개정을 통해 배당소득에 대한 익금불산입 비율도 일반회사와 동일하게 적용하도록 해야 할 것임.

이와 별 건으로 현행 지주회사에 대한 세제혜택은 소액주주 그리고 소규모 회사에 대해 차별적인 요소를 가지고 있는 바, 현행 세제혜택을 유지하는 경우 차별적 규제를 해결해야 함. 일반적으로 소액주주들이 장내에서 상장주식을 매매하는 경우 양도차익에 대해 양도소득세의 납부의무가 없으나 지주회사 전환을 위한 공개매수 참여시 양도소득세를 납부(다만 동 양도소득세는 해당 주식매각 시점까지 이연됨)해야 하므로 사실상 조특법상의 지주회사 전환과 관련된 주식거래에서 발생하는 주식의 양도차익에 대한 과세이연은 대주주에게만 주어지는 혜택 임. 또한 법인세법 상 배당소득익금불산입 비율 및 조특법상의 양도차익 과세이연, 그리고 상증법상의 일감몰아주기 증여의제 모두 공정거래법상의 지주회사에 대해서만 적용됨. 그러나 공정거래법에서는 자산총액 5000억원 이상인 회사만 지주회사로 규정하고 있어, 자산총액이 5000억원에 미달되는 지주회사는 동 세제혜택을 받을 수 없음.

소득세법 등 세법에 대한 일차적 주무부서는 기재부인 반면, 지주회사의 대한 정책적 판단은 공정위에서 이루어지는 바, 올 하반기 정기 국회에서 특례규정의 연장 논의를 앞두고 기재부와 공정위는 긴밀한 업무 협의를 통해 입장을 정리할 필요가 있음.